Васил Шишков е роден на 30 јануари 1970 година во Скопје. Тој беше познат македонски театарски, филмски и телевизиски глумец, син на актерот Ристо Шишков.
На 24 години дипломирал актерска игра на Факултетот за драмски уметности во Скопје. Како професионален актер дебитирал, уште студент, на сцената на Народниот театар „Војдан Чернодрински“ во Прилеп 1993 година, играјќи го Марко Крале во истоимената пиеса на Младен Србиновски. Претставата ја режирал Љубиша Георгиевски. Веднаш по дипломирањето, 1994 година, станал член на драмскиот ансамбл на МНТ со кој, во текот на изминативе две децении, одиграл дваесеттина ролји. Гостувал и во театрите во Велес и Струмица.
Играл во неколку македонски филмови и телевизиски драми. Својата последна ролја Васил Шишков ја одиграл во претставата „Вечната куќа“, со која на 7 ноември 2013 година била отворена новата зграда на Македонскиот народен театар. По изборот на Јордан Плевнеш, автор на текстот и на Дејан Пројковски, режисер на претставата, токму нему му било доверено да го игра митскиот македонски актер Ристо Шишков.
Васил Шишков починал во Скопје на 21 декември 2014 година.